Des milliers de nouveaux virus découverts dans l’océan ?

C’est une découverte que l’on pourrait croire tout droit sortie d’un scénario de science-fiction… Des chercheurs américains ont expliqué que le nombre de groupes biologiques dans lesquels sont classés les virus dont nous connaissons l’existence à ce jour ne serait pas de 5 comme proposé par le prix Nobel de médecine David Baltimore, mais plutôt de 10. Alors comment passer du simple au double ? Et bien avec la découverte de plus de 5500 nouveaux virus inconnus repérés dans l’océan.

Dans le détail, des chercheurs de l’université de l’Ohio aux Etats-Unis ont analysé près 35.000 échantillons d’eau issus de plus de 120 régions différentes dans le monde, pour un résultat effarant : la découverte de plusieurs milliers de virus à ARN jusque-là inconnus. L'astuce employée par les microbiologistes était de travailler sur une protéine partagée par tous les virus à ARN, ou plus précisément, le gène qui code cette protéine, car il comporte de petites différences qui peuvent aider à distinguer un type de virus d'un autre. Concrètement, les chercheurs ont examiné une base de données de séquences d'ARN de plancton collecté par l'expédition Tara Oceans, notamment parce que le plancton est un hôte commun pour les virus à ARN, le tout en partant du principe que plus des gènes sont similaires, plus les virus qui les portent sont probablement étroitement liés. Grâce à l'intelligence artificielle et à une analyse approfondie, ce sont donc 5.504 nouveaux virus à ARN qui ont été mis à jour. Les scientifiques croient même avoir trouvé en Taraviricota – c’est le nom un groupe biologique présent dans tous les océans -, le chaînon manquant dans l'évolution des virus à ARN que la communauté scientifique recherche depuis longtemps.

À noter que les virus à ARN jouent un rôle majeur dans la nature, puisqu’en infectant toutes sortes d'organismes, ils influencent les environnements et la chimie des organismes. Ils pourraient ainsi avoir un rôle à jouer sur la façon dont les océans s'adaptent au changement climatique, et sur la façon dont les océans absorbent et stockent la moitié du carbone que nos activités rejettent dans l'atmosphère. Cependant, les chercheurs ignorent toujours quels organismes ces nouveaux virus à ARN infectent, notamment parce que les fragments de génomes dont ils disposent sont incomplets et particulièrement difficiles à déchiffrer. Si vous ne le saviez pas déjà, les virus à ARN diffèrent des virus à ADN classiques, puisqu’ils évoluent beaucoup plus rapidement, on en a eu la démonstration avec la COVID-19. Ceci dit, les virus à ARN dans leur diversité infectent aussi bien les humains que les plantes ou les animaux.

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